丹参EST序列中SSR信息的分析及分子标记的建立

作者： 宋杰 ; 严铸云 ; 马云桐 ; 陈新 ; 张琦 ; 王菁 ; 杨新杰 ; 万德光

摘要：本文对从NCBI下栽的鼠尾草属11747条EST序列（其中，丹参10228条）进行分析，搜索到含SSR的序列1911条，共合有SSR2156个，出现频率为18．35％。在丹参EST—SSR中，核苷酸重复基元种类共77种。单核苷酸重复最多，出现频率为10．45％，二、三核苷酸的出现频率为3．72％、4．40％。三核苷酸重复中ACG／CTG为主要类型，占27．3％。共设计引物143对，合成13对（其中，丹参6对，Salvia fruticosa7对），在对引物、dNTP、MgCl2进行测试后，建立了合适的PCR反应体系。引物筛选发现7对引物（丹参6对，S．fruticosa 1对）对丹参基因组DNA均有良好的扩增，并对11个不同产地丹参样品进行扩增均呈现良好的多态性。本研究结果证明根据丹参EST资源建立丹参EST—SSR标记是可行的。

关键字： 丹参 EST SSR信息 分子标记

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